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Leonardo si dedicò all'embriologia e alla cardiologia. A Roma eseguì dissezioni, ma viene calunniato presso il papa; i risultati delle sue indagini anatomiche non ci sono pervenute.
Negli studi embriologici Leonardo studiò come "l'anima materna" modellava le fattezze del feto, per dirla con le parole di Leonardo "L'anima della madre che prima compone nella matrice la figura dell'omo [...] Il feto è vivificato e nutrito dalla vita e cibo della madre [...] Una medesima anima governa questi due corpi"
Gli studi di cardiologia vennero eseguiti sul cuore di un bue: Leonardo cercò di capire in che modo il movimento cardiaco assottigliasse il sangue trasformandolo in "spiriti e calor naturale"
Per Leonardo "Nessuna cosa nasce in loco dove non sia vita sensitiva, vegetativa e razionale"; anche la vita, come altri fenomeni, si trova connessa con un fluido "aereo", per Leonardo, ovvero gli spiriti vitali e l'anima.
Un altro gruppo di studi anatomici eseguiti nel 1508 riguarda gli organi femminili: utero, vulva e i suoi muscoli. Leonardo rappresentò anche una vulva di una multipara, dilatata subito dopo il parto; in un altro disegno, studia la collocazione dell'utero in rapporto al bacino. Esegue anche un disegno di coito e studia anche il corpo femminile al momento del parto.
Leonardo mise in discussione l'idea (propagandata da Cennino Cennini) che la donna non avesse proporzioni perfette ("Quella della femmina lascio stare perché non ha nessuna perfetta misura", "Libro dell'arte" capitolo LXX). Dopo aver celebrato l'ideale di bellezza maschile (L'Uomo vitruviano) ora Leonardo celebra anche l'ideale estetico femminile.
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